Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku od początku swojego istnienia wydaje publikacje naukowe, popularnonaukowe, albumy, a nawet komiksy. Prezentowane wydawnictwa wnoszą istotny wkład do stanu wiedzy o genezie, przebiegu i konsekwencjach tego konfliktu, a także do debaty nad pamięcią dotyczącą II wojny światowej oraz istotą systemów totalitarnych. Publikacje przyczyniają się także do wyjaśnienia kontrowersji w obszarze świadomości historycznej oraz przezwyciężenia nieporozumień dotyczących przeszłości.