Teren Muzeum, zajmujący powierzchnię 17070 m2, dotyka od strony zachodniej Kanału Raduni, a od południowej otwiera się na szeroką panoramę Motławy. Obecnie są to obrzeża starego Gdańska, wkrótce będzie to centrum nowoczesnej dzielnicy, usytuowanej na terenach postoczniowych.
Granice terenu, na którym stoi Muzeum II Wojny Światowej wyznaczają:
- od zachodu ciąg nieistniejącej dziś ulicy Piekary;
- od wschodu ulica Stara Stocznia;
- od południa lewy brzeg ujścia Kanału Raduni do Motławy, wzdłuż którego biegła nieistniejąca dziś ulica Wiadrownia.
- od północy fragment ulicy Wałowej;
W okresie średniowiecza obszar ten został włączony w założenie obronne zamku wzniesionego przez Krzyżaków w miejscu dawnego grodu książęcego, przekształcając je w przedpole warowni, oddzielone od lądu i twierdzy fosami. Od połowy XV w. istniała tu jedynie skromna siedziba cechu wiadrowników. Po drugiej stronie fosy znajdował się teren tzw. Brabancji. W połowie XVII w. okolica uległa znacznemu przeobrażeniu. Przekopano nowe koryto końcowego odcinka Kanału Raduni, który od tej pory uchodził do Motławy, a nie do Wisły. W efekcie tego, teren Wiadrowni ograniczył się do małej, trójkątnej wyspy, której kształt wpłynął na kształt urbanistyczny tego obszaru miasta. Na układ drogowy składały się ulice: Wiadrownia, Stara Stocznia, Piekary, Wielka, Mała, Kowale.
Zabudowa w miejscu siedziby Muzeum, choć murowana, była uboga w formie, zamieszkana przez niezamożną część ludności. Na cyplu między ulicą Stara Stocznia a Kanałem Raduni funkcjonował plac budowlany i skład drewna. Między rokiem 1942 a 1944 na terenie tym wzniesiono lekki schron przeciwlotniczy, który istnieje do dnia dzisiejszego. Po zniszczeniu miasta w 1945 r. teren został w znacznym stopniu przeobrażony. Z istniejącego układu ulic przetrwała jedynie Stara Stocznia. Reszta dróg uległa likwidacji po utworzeniu zajezdni autobusowej i skwerów.
Budynek Muzeum ma powierzchnię 34,111 tysięcy m2. Na wystawę główną przeznaczono obszar ponad 5 tysięcy m2. W nowoczesny sposób prezentuje ona II wojnę światową zarówno z perspektywy ówczesnej wielkiej polityki i przede wszystkim — przeżyć zwykłych ludzi.
Ekspozycja przedstawia nie tylko losy Polaków, ale też doświadczenia innych narodów.
Poza wystawą stałą w Muzeum znajduje się także tysiąc metrów powierzchni na wystawy czasowe. Oprócz funkcji wystawienniczych Muzeum pełni rolę ośrodka edukacji, kultury i nauki.
Galeria
ARCHITEKTURA JAKO SYMBOL
Budynek siedziby Muzeum spotkał się z dużym uznaniem międzynarodowego środowiska architektów. Jury konkursu określało ten projekt „nowym symbolem Gdańska”, „nową ikoną”, „projektem rzeźbiarskim”.
Daniel Libeskind, jeden z najsłynniejszych architektów, autor m.in. Muzeum Żydowskiego w Berlinie uzasadniał wybór projektu słowami:
Posługując się językiem architektury, wybrany projekt opowiada o tragedii przeszłości, żywotności teraźniejszości, ukazując jednocześnie horyzont przyszłości. Dynamicznie wznosząca się ku górze forma jest symbolem mieszczącego się pod nią muzeum. Tworzy szerokie, spektakularne otwarcie przeszłości miasta ku jego przyszłości. Nawiązując do ikonicznej panoramy Gdańska z dźwigami stoczniowymi i wieżami kościołów, budynek łączy tradycyjne przestrzenie miasta, ich skale, materiały i kolory z muzeum na miarę XXI wieku.
Autorzy projektu ze studia architektonicznego „Kwadrat” nazwali ten budynek projektem milczącym, który ma wywoływać wśród zwiedzających silne emocje i głębokie refleksje. Pracownia „Kwadrat” ma swoją siedzibę w Gdyni i jest obecna na rynku od 1989 r. Na fali przemian ustrojowych i zwrotów gospodarczych liderzy zespołu: Jerzy Kaczorowski, Jacek Droszcz i Adam Drohomirecki w 1989 roku zakładają jedną z pierwszych prywatnych firm projektowych znaną pod nazwą „Kwadrat”. Pozycja firmy została ugruntowana po zdobyciu kilku głównych nagród w konkursach architektonicznych i urbanistycznych. Pracownia prowadzi działalność projektową zarówno w dziedzinie architektury mieszkaniowej jak i użyteczności publicznej.
Symbolicznym wyrazem związków przeszłości czyli wojny z teraźniejszością i przyszłością jest przestrzenny podział Muzeum na trzy strefy: przeszłość, którą ukryto w podziemiach budynku, teraźniejszość, która jawi się na otwartym placu wokół Muzeum oraz przyszłość, która jest wyrażona za pomocą dominanty z punktem widokowym.
Projekt architektoniczny jest wizją odważną o międzynarodowej randze. Ten projekt nie przypomina i nie naśladuje żadnego z wielu muzeów, jakie widziałem na świecie. Jest wyjątkowy. Jest to nie tylko kwestia tematu, bardzo silnego i głęboko zakorzenionego w Polsce, a przede wszystkim w Gdańsku. Patrzymy na rozwiązanie światowej klasy, na rozwiązanie godne XXI wieku, przeznaczone dla pokoleń, które jeszcze się nie urodziły.
- Jack Lohman, historyk sztuki, muzealnik
Uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego pod siedzibę Muzeum odbyło się 1 września 2012 r. Rolę kamienia węgielnego pełnił kawałek bruku znaleziony podczas prac archeologicznych, a będący kiedyś częścią ulicy w dzielnicy Wiadrownia, znajdującej się przed wojną na terenie, na którym obecnie stoi Muzeum. Kamień wraz z podpisanym aktem wmurowania, został umieszczony w specjalnym kamiennym cokole.