Misją Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku jest opowiadanie o ofiarach II wojny światowej, a także jej bohaterach – często zapomnianych i zepchniętych na margines historii. Pamięć o historii pielęgnowana jest w myśl hasła Kultura wielu wymiarów – w ramach prowadzonej działalności wystawienniczej, naukowej, edukacyjnej oraz szeroko pojętym działaniom popularyzatorskim instytucja kształtuje świadomość Polaków, jak i zagranicznych gości. Przygotowywane są liczne wydarzenia naukowe i kulturalne, takie jak konferencje, koncerty, widowiska czy spektakle teatralne, a także prowadzone jest kino studyjne. Instytucja dba o to, by przekaz interesował przedstawicieli różnych grup wiekowych, dlatego rzetelne i wartościowe treści historyczne prezentowane są w ciekawy i atrakcyjny sposób, w tym przy użyciu najnowocześniejszych technologii.
Zadaniem Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku jest kształtowanie narracji historycznej, dzięki której II wojna światowa ukazywana jest w nowoczesny sposób z perspektywy wyjątkowego doświadczenia Polaków, z uwzględnieniem zarówno ówczesnej wielkiej polityki, jak i postaw ludzi względem wojennej rzeczywistości oraz koszmaru okupacji Rzeczypospolitej przez dwa totalitarne reżimy. Wiedza dotycząca najtragiczniejszego konfliktu w dziejach naszej cywilizacji rozpowszechniana jest nie tylko w przestrzeni Muzeum, ale – dzięki współpracy z wieloma partnerami – także poza nią – zarówno w Polsce, Europie, jak i na świecie.
Priorytetowym działaniem Instytucji na najbliższe lata jest budowa Muzeum Westerplatte i Wojny 1939, stanowiącego oddział Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku. Będzie to miejsce skupione wokół trzech symboli: autentyzmu pola bitwy, polskich postaw w czasie II wojny światowej i początku wybuchu tego tragicznego konfliktu. Na historycznym polu bitwy opowiedziana zostanie historia wrześniowych walk na Westerplatte, jak i szerszy kontekst wojny obronnej 1939 roku. Plenerowy charakter założenia pozwoli na poznanie reliktów przeszłości w autentycznym krajobrazie, pogłębiając wiedzę w ramach prezentowanych wystaw i projektów towarzyszących. Poprzez działania konserwatorskie, odbudowę wybranych reliktów oraz m.in. powrót do oryginalnych ścieżek komunikacyjnych Wojskowej Składnicy Tranzytowej, teren historycznego pola bitwy będzie bardziej czytelny i pozwalający zrozumieć, co dokładnie wydarzyło się na półwyspie w pierwszych dniach II wojny światowej.