Czas: 1 sierpnia–22 grudnia 2017 r. Powierzchnia: badań archeologicznych – 1005,7 m²; prac saperskich połączonych z poszukiwaniami zabytków pod nadzorem archeologicznym – 4174 m². Wynik: zlokalizowanie i przebadanie reliktów starych koszar, budynku administracyjnego, lejów po bombach przy wartowni nr 5 i w okolicy starych koszar, zlokalizowanie w wykopie sondażowym latryny z okresu funkcjonowania WST.
Drugi etap badań archeologicznych trwał od 1 sierpnia do 22 grudnia 2017 r. Jego celem było potwierdzenie położenia oraz udokumentowanie stanu zachowania reliktów dwóch obiektów Wojskowej Składnicy Tranzytowej: starych koszar i budynku administracyjnego, oraz ustalenie zasięgu i eksploracja leja po bombie znajdującego się po północnej stronie reliktów wartowni nr 5. Ocena stanu zachowania pozostałości budynków była niezbędna do opracowania koncepcji ich rekonstrukcji bądź trwałego zabezpieczenia i wyeksponowania w ramach rewaloryzacji pomnika historii „Pole Bitwy na Westerplatte”. Równocześnie, pod nadzorem archeologicznym, wykonywano prace saperskie mające na celu oczyszczenie terenu z materiałów wybuchowych i niebezpiecznych pochodzenia wojskowego, by zapewnić bezpieczeństwo pracownikom muzeum i turystom odwiedzającym Westerplatte. Działaniom tym towarzyszyło poszukiwanie zabytków.
Podczas tego etapu szczegółowo przebadano obszar o powierzchni 1005,7 m² i przeprowadzono prace saperskie na powierzchni 4174 m². Lokalizację starych koszar i budynku administracyjnego wyznaczono na podstawie archiwalnych map. Oba obiekty, zbudowane około 1890 r., w okresie funkcjonowania kurortu (Ostseebad Westerplatte) pełniły funkcje hotelowców. Wzniesiono je w konstrukcji szachulcowej, na planie litery L, z ramionami o równych długościach. Po przejęciu terenu Westerplatte przez Polskę budynki letniskowe dostosowano do potrzeb wojskowych. Większy z nich, zlokalizowany przy Birkenallee 5, przeznaczono na koszary, drugi, położony przy dawnej Seestrasse 3/4, zaadaptowano na potrzeby administracyjne oraz umieszczono w nim główną wartownię. W obu przypadkach wiązało się to z koniecznością zmiany wewnętrznego układu komunikacyjnego i wykonaniem remontu ogrzewania. Usunięto również opierające się na drewnianych słupach balkony. W trakcie badań archeologicznych odsłonięto przyziemne części murów i rozpoznano ich wewnętrze podziały.
Analiza reliktów starych koszar pozwoliła ustalić, że w skrzydle wschodnim część pomieszczeń pierwotnie była przechodnia i podczas remontu otwory drzwiowe zostały zamurowane, a główny ciąg komunikacyjny poprowadzono przez centralnie usytuowany korytarz biegnący na osi wschód–zachód. Domurowania zarejestrowano również w skrzydle południowym, gdzie najprawdopodobniej redukowały one zbyt dużą liczbę przejść między poszczególnymi pomieszczeniami. Dokładne ustalenie skali zmian nie było możliwe z uwagi na znaczną destrukcję murów w tej części obiektu. W trakcie prac zarejestrowano cztery piwnice – po dwie w każdym ze skrzydeł budynku. Piąta znajdowała się w północno-wschodnim narożniku budynku, będącym łącznikiem obu skrzydeł. W narożnikach piwnic natrafiono na pozostałości ceglanych murów związanych z rozbudową ogrzewania obiektu. W 1936 r, gdy wybudowano nowe koszary i przeniesiono tam żołnierzy, budynek przekształcono w zaplecze gospodarcze i miejsce ewentualnego zakwaterowania nadliczbowej załogi i sezonowych pracowników cywilnych. Obiekt, nieznacznie uszkodzony podczas działań wojennych we wrześniu 1939 r., został niedługo później rozebrany przez polskich jeńców cywilnych podczas prac zarządzonych przez Niemców.
Budynek administracyjny przebadano tylko częściowo – wykop obejmował północne skrzydło obiektu oraz łącznik pomiędzy skrzydłami. Analiza zachowanych reliktów pozwoliła ustalić, że również tu przebudowano ciąg komunikacyjny, tworząc od wschodniej strony zewnętrzne, zadaszone wejście do pomieszczeń piwnicznych. Zarejestrowano również wkopy i warstwę rozbiórkową powstałą podczas usuwania wspartych na słupach balkonów. Budynek użytkowano do momentu wybudowania nowych koszar, a jego rozbiórkę przeprowadzono w lipcu 1937 r. Pozyskany materiał zabezpieczono na potrzeby prac remontowo-konserwatorskich oraz na budowę nowych pomieszczeń gospodarczych na terenie składnicy.
Rezultatem badań wykonanych po północnej stronie wartowni nr 5 było zarówno ustalenie zasięgu leja, jak i przebadanie warstw stanowiących jego zasypisko. Jego kształt w poziomie był zbliżony do okręgu o średnicy 9,6 m, a jego głębokość w punkcie centralnym (epicentrum eksplozji bomby) dochodziła do 3,7 m od dzisiejszego poziomu gruntu. Obiekt został zasypany w ramach prac porządkowych wykonywanych przez polskich cywilnych jeńców. Większość zsypiska stanowił gruz ceglany pochodzący z rozbiórki willi oficerskiej. W dolnej części obiektu znajdowała się warstwa osypiskowa piasku zawierająca drobne, betonowe fragmenty wartowni oraz liczne przedmioty z nią związane.
Podczas prac saperskich nie znaleziono żadnych materiałów wybuchowych ani niebezpiecznych pochodzenia wojskowego. W ich trakcie wykonano wykopy sondażowe o łącznej powierzchni 29 m². Po zachodniej stronie starych koszar zarejestrowano lej powstały podczas bombardowania składnicy 2 września 1939 r. Zlokalizowano również szalet wybudowany po 1926 r. na potrzeby WST oraz obiekty śmietniskowe zawierające materiał z okresu funkcjonowania kurortu.
Podczas badań pozyskano ponad 9700 artefaktów, z których niemalże 4300 uznano za przedmioty o dużej wartości zabytkowej, wystawienniczej lub historycznej. Wśród nich jest duży zbiór zabytków związanych z funkcjonowaniem WST. Najcenniejsze znaleziono w zasypisku leja przy wartowni nr 5, m.in. polski wzornik do map wojskowych, szewron z munduru podoficera Marynarki Wojennej, elementy polskiej amunicji do karabinu typu Mauser noszące ślady eksplozji, uszkodzony odłamkiem dzwonek alarmowy znajdujący się pierwotnie we wnętrzu wartowni, budzik wyprodukowany w warszawskiej Fabryce Zegarów Braci Fortwängler, polska wkładka ochronna wz. 1933, którą umieszczano w mauserze w trakcie jego czyszczenia, oraz fragmenty naczyń z zastawy stołowej wykonanej na potrzeby kasyna oficerskiego funkcjonującego w willi oficerskiej przez Fabrykę Porcelany Giesche.