"Podróż w czasie" to część wystawy głównej Muzeum przeznaczona dla dzieci poniżej 12 roku życia. Jest to rekonstrukcja mieszkania warszawskiej rodziny w trzech różnych okresach: kilka dni po wybuchu II wojny światowej, w czasie okupacji niemieckiej oraz tuż po jej zakończeniu.
Zmieniające się elementy wystroju wnętrza mieszkania są odbiciem zmieniającej się sytuacji politycznej, społecznej i ekonomicznej okupowanego i walczącego kraju. Uzmysławiają one zwiedzającym pogarszające się z roku na rok warunki życia egzystencji, narzucone przez okupanta rygory, ale także sposoby radzenia sobie z tymi trudnościami.
Ważnym wątkiem opowieści jest los ludności żydowskiej, egzemplifikowany losem przedwojennych żydowskich sąsiadów. Podróż przez lata okupacji odbywa się z pięcioosobową rodziną Jankowskich. Do stworzenia jej historii użyte zostały typowe elementy wojennych biografii polskich inteligentów.