W dniach od 27 do 29 grudnia Niemcy przeprowadzili akcję wysadzenia w powietrze Pałacu Saskiego w Warszawie. Miało to związek z wydanym ustnie przez Adolfa Hitlera rozkazem Heinrichowi Himmlerowi na wieść o rozpoczęciu powstania w dniu 1 sierpnia 1944 r.: „(...)każdego mieszkańca należy zabić, nie wolno brać żadnych jeńców. Warszawa ma być zrównana z ziemią i w ten sposób ma być stworzony zastraszający przykład dla całej Europy(...)”.
Pałac stanowił element barokowego założenia urbanistycznego stolicy za czasów króla Augusta II -Osi Saskiej- ciągnącej się od Krakowskiego Przedmieścia do placu Żelaznej Bramy, przez Ogród Saski. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r. w Pałacu Saskim znajdował się Sztab Generalny Wojska Polskiego. To właśnie tutaj działał zespół Oddziału II Sztabu Głównego pod dowództwem ppłk-a Jana Kowalewskiego, który rozpracowywał bolszewickie szyfry w decydującym momencie bitwy warszawskiej w sierpniu 1920 r. Przed budynkiem od roku 1923 znajdował się pomnik konny księcia Józefa Poniatowskiego. Pałac Saski od 1925 r. jest także miejsce spoczynku bezimiennego żołnierza- 14-letniego ochotnika ze Lwowa bez szarży, którego trumnę symbolicznie złożono pod arkadami budynku, a płytę nagrobną uroczyście odsłonięto 2 listopada 1925 r. W latach 30. XX wieku Pałac Saski był także siedzibą Biura Szyfów: to właśnie tutaj trójka matematyków- Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski prowadzili prace nad rozszyfrowaniem niemieckiej Enigmy i dokonali pierwszego złamania kodu maszyny.
Po kapitulacji Warszawy w dniu 27 września 1939 r. pomieszczenia Pałacu Saskiego zajął Wermacht. Sąsiedni Pałac Brühla w czasie okupacji zajmował gubernator dystryktu warszawskiego- Ludwik Fischer.
Upadek Powstania Warszawskiego rozpoczął proces niszczenia przez Niemców miasta. Jak w przypadku innych tego typu obiektów Pałac Saski został splądrowany i rozgrabiony z wystroju wewnętrznego. Choć duża część zabytku już znajdowała się wówczas w gruzach Niemcy prowadzili przez prawie dwa tygodnie prace, polegające na wierceniu otworów w gmachu. Od 27 do 29 grudnia trwało wysadzanie budynku. Ocalała jedynie kolumnada nad Grobem Nieznanego Żołnierza, mimo iż arkady były przygotowane do wysadzenia. Zdobią one po dziś dzień pl. Piłsudskiego w Warszawie. Po wojnie umieszczono w grobie urny.
Autorzy sporządzonego w 2004 „Raportu o stratach wojennych Warszawy” oszacowali całość strat materialnych poniesionych przez miasto i jego mieszkańców podczas II wojny światowej na 18,20 miliarda przedwojennych złotych (według wartości złotówki z sierpnia 1939), czyli 45,3 miliarda dolarów (według wartości obecnej).