Czas: 11 marca–7 czerwca 2021 r. Powierzchnia: badań archeologicznych – 756,3 m²; prac saperskich połączonych z poszukiwaniami zabytków pod nadzorem archeologicznym – 59 900 m²; badań geofizycznych – 52 870 m². Wynik: odsłonięcie i przebadanie reliktów wartowni nr 5 oraz willi oficerskiej, zlokalizowanie reliktów schronu amunicyjnego nr 8 oraz polskiego i niemieckiego stanowiska strzeleckiego.
Etap trwał od 11 marca do 7 czerwca 2021 r. Jego celem było udokumentowanie reliktów dwóch budynków wchodzących w skład Wojskowej Składnicy Tranzytowej: wartowni nr 5 oraz willi oficerskiej. Badania były niezbędne do opracowania szczegółowego projektu ich trwałego zabezpieczenia i wyeksponowania w ramach rozpoczętej inwestycji budowy Muzeum Westerplatte i Wojny 1939, zmierzającej do rewaloryzacji pomnika historii, jakim jest pole bitwy na Westerplatte. W założeniach Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku pozostałości obu budynków miały stać się jednymi z ważniejszych elementów cmentarza Żołnierzy Wojska Polskiego na Westerplatte. Badania pozwoliłyby także potwierdzić bądź wykluczyć obecność kolejnych pochówków na obszarze przyległym do mogił dziewięciu obrońców półwyspu odnalezionych w 2019 r. W ramach tego etapu na działkach 25/2 i 3/5, pod nadzorem archeologicznym, żołnierze Kompanii Saperów Batalionu Inżynieryjnego 2. Pułku Saperów z Kazunia Nowego prowadzili prace saperskie. Ich celem było oczyszczenie terenu z materiałów wybuchowych i niebezpiecznych pochodzenia wojskowego, by zapewnić bezpieczeństwo pracownikom muzeum oraz turystom odwiedzającym Westerplatte. Równolegle prowadzono na tym obszarze poszukiwania zabytków.
Podczas tego etapu przebadano szczegółowo obszar o powierzchni 756,3 m² i przeprowadzono prace saperskie na powierzchni 59 900 m². Prace archeologiczne rozpoczęto od rozbiórki cmentarza wojskowego, funkcjonującego w zastanej formie od 1989 r. W toku badań zarejestrowano również ślady jego wcześniejszych faz. Każda z nich zniszczyła w mniejszym lub większym stopniu znajdującą się poniżej wartownię nr 5. Z odsłoniętego budynku zachowała się wyłącznie betonowa posadzka oraz ściany o wysokości nieprzekraczającej 80 cm w części piwnicznej. Wartownię wzniesiono w latach 1933–1934 jako jeden z elementów nowego systemu obronnego WST. Wybudowano ją na planie prostokąta o długości boków 7,75 m × 5,1 m. Jej ściany wykonano ze zbrojonego betonu lanego w drewniany szalunek. Analiza zachowanych reliktów pozwoliła odtworzyć podziały wewnętrzne oraz rozplanowanie stanowisk bojowych w piwnicy. W narożniku południowo-wschodnim zarejestrowano pozostałości kabiny bojowej i podstawy fortecznej ciężkiego karabinu maszynowego (ckm) ze strzelnicą zlokalizowaną we wschodniej ścianie. Jedna z dwóch strzelnic ręcznego karabinu maszynowego (rkm) znajdowała się w zachodniej części ściany północnej, a druga musiała być w północnej części ściany wschodniej i sąsiadować ze strzelnicą ckm. W pobliżu wartowni odsłonięto betonowe fundamenty zapory wykonanej z siatki Ledóchowskiego, wzniesionej w 1939 r. Zarejestrowano również ślady po niemieckim nalocie z 2 września 1939 r, w którego wyniku zginęło co najmniej siedmiu polskich żołnierzy znajdujących się w budynku. Widoczne były w postaci zniszczonego południowo-zachodniego narożnika, przemieszczenia wzmocnionych ścian kabiny bojowej ckm, uszkodzeń posadzki piwnicznej oraz warstwy spalenizny. Udokumentowano również lej po bombie SC-50 (o wagomiarze 50 kg), która zburzyła południowo-zachodni narożnik budynku. Po zakończeniu działań wojennych Niemcy wykorzystali polskich jeńców cywilnych do wydobycia zwłok z ruin wartowni i rozbiórki jej części naziemnych. Szczątki poległych polskich żołnierzy zostały odnalezione przez archeologów z Muzeum w 2019 r w trakcie piątego etapu badań archeologicznych. Zostały pochowane na nowym cmentarzu Żołnierzy Wojska Polskiego na Westerplatte.
W trakcie badań willi oficerskiej odsłonięto przyziemne części jej murów i rozpoznano wewnętrze podziały oraz etapy przebudowy. Budynek zwany willą Sonnenbrodta wzniesiono w okresie funkcjonowania kurortu – pod koniec XX w. W 1919 r. została nieoficjalnie wykupiona przez przedstawiciela polskiego rządu – Mieczysława Jałowieckiego, i przeznaczona na mieszkania dla polskich urzędników. Po przejęciu półwyspu przez Polskę, w 1926 r., budynek zaadaptowano na potrzeby kadry oficerskiej WST. Podczas badań zarejestrowano świadectwa tej przebudowy w postaci piwnic oraz werandy wzniesionej od północnej strony. W pomieszczeniu piwnicznym zadokumentowano pozostałości przewodu kominowego oraz warstwę miału węglowego pozostałą po magazynowanym tu materiale opałowym. Willa, częściowo zniszczona podczas wrześniowego ataku, została rozebrana do fundamentów podczas prac porządkowych po zajęciu Westerplatte przez Niemców. Cegły pozyskane z tej rozbiórki posłużyły do rozbudowy obozu Stutthof.
W rejonie cmentarza odsłonięto fragmenty systemu kanalizacyjnego wybudowanego na potrzeby WST, a w niewielkiej odległości od niego natrafiono na szczątki dwóch niemieckich żołnierzy poległych wiosną 1945 r.
W trakcie prowadzonych pod nadzorem archeologicznym prac saperskich połączonych z poszukiwaniami zabytków wykonano wykopy sondażowe, które pozwoliły na zlokalizowanie reliktów schronu amunicyjnego nr 8 oraz polskiego stanowiska strzeleckiego na placówce „Fort”. W jego pobliżu, na niewielkim obszarze, znaleziono również znaczną ilość polskich łusek karabinowych produkcji Mausera. Wszystkie przedmioty pozyskane podczas prac były na bieżąco inwentaryzowane i namierzane geodezyjne, co pozwoliło na wykonanie ich dokładnej planigrafii. Analiza rozmieszczenia poszczególnych zabytków umożliwiła zlokalizowanie również m.in. trzech niemieckich stanowisk strzeleckich z 1945 r. W toku prac saperskich znaleziono i zutylizowano ponad 600 przedmiotów wybuchowych i niebezpiecznych pochodzenia wojskowego, w tym: bombę lotniczą o wagomiarze 50 kg, pociski artyleryjskie kal. od 20 do 150 mm, granaty moździerzowe i ręczne zapalniki oraz liczne elementy amunicji strzeleckiej.
Podczas tego etapu badań pozyskano prawie 7000 przedmiotów, z których ponad 4000 uznano za zabytki o dużej wartości zabytkowej, wystawienniczej lub historycznej. Wśród nich najcenniejsze są elementy polskiego uzbrojenia znalezione we wnętrzu wartowni nr 5: granat obronny wz. 1933, pudełko na muszkę kołową celownika optycznego Browninga, skrzynię amunicyjną, filtr do maski przeciwgazowej, znaczną ilość polskiej amunicji karabinowej produkcji Mausera. Jednym ze znalezisk był też statecznik niemieckiej bomby SC-50, która zniszczyła budynek. W toku prac saperskich pozyskano również elementy karabinu MG i granatników pancerfaust, destrukty karabinu mannlicher, I pistoletu maszynowego MP 35, beczkę na paliwo, elementy i infrastruktury kolejowej WST oraz liczne odłamki pocisków, w tym również wystrzelonych z okrętu Schleswig-Holstein.