Czas: 12 września–15 listopada 2019 r. Powierzchnia: badań archeologicznych – 110 m². Wynik: zlokalizowanie miejsca pochówku polskich żołnierzy poległych podczas obrony Westerplatte w pierwszych dniach września 1939 r. Odkryto 5 mogił, w których znajdowały się szczątki 9 westerplatczyków poległych w wartowni nr 5 oraz innych częściach półwyspu.
Piąty etap badań archeologicznych trwał od 12 września do 15 listopada 2019 r. Był to moment przełomowy odkrywania dziejów Westerplatte, a przede wszystkim mający doniosły wymiar społeczny i patriotyczny.
Celem badań było zlokalizowanie miejsca, gdzie po 7 września 1939 r. pochowano poległych obrońców Westerplatte, oraz zweryfikowanie informacji o ich późniejszej ekshumacji. Już drugiego dnia po kapitulacji Wojskowej Składnicy Transportowej Niemcy, wykorzystując polskich jeńców cywilnych, rozpoczęli prace porządkowe. Ich częścią było wydobycie zwłok z gruzów wartowni nr 5, zniszczonej podczas nalotu Luftwaffe 2 września 1939 r., oraz odnalezienie ciał pozostałych żołnierzy poległych w innych częściach Składnicy. Prace te obejmowały również wykopanie dołów i pogrzebanie zwłok w okolicy zbombardowanej wartowni. Według relacji zakonnika. Władysława Kaczmarka, jednego z cywilnych jeńców, w styczniu 1940 r. Niemcy nakazali przeprowadzić ekshumacje uprzednio pochowanych polskich obrońców, a ich ciała wywieźli w nieznane miejsce. Archeolodzy Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku wnikliwie przeanalizowali fotografie wykonane przez niemieckich żołnierzy po 7 września 1939 r. Po porównaniu ich z istniejącymi do dziś fragmentami krajobrazu precyzyjnie wytypowali miejsce badań. W trakcie tego procesu wykorzystano również wyniki prac archeologicznych i geofizycznych wykonanych w poprzednich sezonach badawczych, które umożliwiły lokalizację nieistniejących już budynków.
Podczas tego etapu szczegółowo przebadano 110 m2 powierzchni. Odsłonięto 5 nienaruszonych grobów, w których pogrzebano 9 polskich żołnierzy. Pierwsze szczątki zarejestrowano już na głębokości 40 cm poniżej poziomu gruntu. Odkryto płytką jamę, do której wrzucono górną część ciała poległego obrońcy. Kolejne trzy groby były pojedynczymi mogiłami. Tylko w przypadku jednego z nich można mówić o ułożeniu zwłok; pozostałe dwa ciała wrzucono do dołów bez zachowania szacunku należnego zmarłym. Ostatni grób okazał się masową mogiłą kryjącą szczątki pięciu osób. W jamie znalazły się mocno okaleczone zwłoki oraz zebrane luźne fragmenty ciał. Analiza odsłoniętych w trakcie badań szczątków wykazała, że do ułożenia poległych nie przykładano żadnej wagi. Układ kości świadczył również o tym, że do przenoszenia fragmentów ciał użyto worków, co potwierdza Jan Olszewski, jeniec cywilny uczestniczący w pochówku. Relacje innych mówią o tym, że każda próba godnego potraktowania grzebanych zwłok czy upamiętnienia miejsca ich pochówku była przez Niemców surowo karana.
Większość odnalezionych szczątków nosiła ślady działania wysokiej temperatury, fali uderzeniowej oraz urazów spowodowanych odłamkami. Przy szkieletach znaleziono liczne elementy polskiego uzbrojenia i ekwipunku wojskowego, wskazujące, że w grobach pochowano polskich obrońców składnicy.
Podczas tego etapu badań pozyskano prawie 1400 zabytków, z których niemalże 750 uznano za przedmioty o ogromnej wartości naukowej, wystawienniczej lub historycznej, a przede wszystkim za niosące olbrzymi ładunek emocjonalny. Wśród rzeczy znalezionych przy szczątkach znajdowały się m.in.: pistolet typu Browning wz. 1900 (kal. 7,65 mm) pas główny wz. 1931 wraz z ładownicą wz. 1922 oraz tzw. żabką wz. 1924 do mocowania bagnetu na pasie, bagnet wz. 1929 do karabinów typu Mauser, polskie buty saperskie wz. 1931, ochraniacz lufy zwany antyzapiaszczaczem, pojemnik na maskę przeciwgazową wz. 1924, guziki mundurowe wz. 1928 oraz odłamki niemieckich bomb lotniczych SC-50, które zniszczyły wartownię nr 5. Przy szczątkach znaleziono również takie przedmioty osobiste jak aluminiowe medaliki, portfele zawierające polskie monety czy skórzaną papierośnicę i drewnianą lufkę do papierosów.
Po odkryciu pierwszych kości natychmiast poinformowano Oddziałową Komisję Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu Instytutu Pamięci Narodowej w Gdańsku. Dalsze prace prowadzono już w ramach śledztwa. Archeologom podczas ekshumacji towarzyszyli antropolodzy, lekarz medycyny sądowej, prokurator IPN oraz technicy policyjni. Jeszcze w trakcie badań MIIWŚ zainicjowało poszukiwania najbliższych żyjących krewnych żołnierzy poległych podczas obrony składnicy. Dzięki współpracy z Pomorskim Uniwersytetem Medycznym w Szczecinie oraz gdańskim oddziałem IPN udało się zidentyfikować siedmiu poległych obrońców Westerplatte: plut. Adolfa Petzelta, kpr. Jana Gęburę, kpr. Bronisława Peruckiego, starszego strzelca Władysława Okrasę (Okraszewskiego), starszego legionistę Ignacego Zatorskiego, starszego legionistę Zygmunta Ziębę i legionistę Józefa Kitę. Wciąż trwają prace zmierzające do identyfikacji pozostałych dwóch polskich żołnierzy. Podczas uroczystego pogrzebu, który odbył się 4 listopada 2022 r., wszyscy odnalezieni bohaterowie spoczęli wraz ze swoim dowódcą mjr. Henrykiem Sucharskim na cmentarzu Żołnierzy Wojska Polskiego na Westerplatte.