Dzień 5 września zaczął się spokojnie, jednak o godz. 9.00 ogień w kierunku Westerplatte otworzyła bateria haubic kalibru 105 mm z okolic Wisłoujścia. Nie spowodował on większych zniszczeń, ani żadnych strat wśród obrońców, był jednak bardzo wyczerpujący dla zmęczonych polskich żołnierzy. Stale pogarszał się też stan rannych, których lekarz Składnicy kpt. Mieczysław Słaby nie miał czym leczyć. Z braku wody, odpowiednich narzędzi chirurgicznych i medykamentów, ranni nie mogli być operowani, zachodziła obawa, że rozwinie się u nich gangrena.
"Zarządzona w tym dniu przez majora Sucharskiego odprawa oficerów i podoficerów wykazuje jedynie pragnienie kontynuowania walki. Propozycja komendanta, by poddać Westerplatte – upada. Odprawa odzwierciedliła w pełni stanowisko w tej sprawie załogi, która nadal nie myślała o poddaniu się…"
Kpt. F. Dąbrowski
W nocy z 5 na 6 września Niemcy podjęli próbę podpalenia lasu na Westerplatte, który utrudniał im obserwację i celowanie, a także skutecznie maskował polskie pozycje. W celu wzniecenia ognia wtoczyli na półwysep cysternę z substancją łatwopalną, z zamiarem wysadzenia jej w pobliżu polskiej linii obrony. Jednakże eksplozja cysterny nastąpiła przedwcześnie, nieopodal niemieckich okopów, a spowodowany nią pożar szybko zgasł. Dzień 6 września rozpoczął się systematycznym ostrzałem ciężkich moździerzy z kierunku Wisłoujścia. Nie był on zbyt skuteczny, chociaż jeden z pocisków moździerzowych eksplodował w pobliżu Wartowni nr 2 uszkadzając ją, nie spowodował jednak żadnych strat w ludziach. W budynku koszar ranna została jedna osoba. Po godz. 15.00 Niemcy podjęli kolejną próbę podpalenia lasu, wtaczając na Westerplatte tym razem dwie cysterny wypełnione substancją łatwopalną. Obrońcy nie dali się zaskoczyć i otworzyli do nich ogień z ciężkiej broni maszynowej i z działka przeciwpancernego. Cysterny eksplodowały wywołując gwałtowny pożar, który jednak szybko zgasł, nie przynosząc oczekiwanego przez atakujących efektu. Do wieczora i w nocy panował na Westerplatte spokój.
„W późnych godzinach wieczornych major zwołał ponowną odprawę w szczuplejszym gronie. Podobnie jak 5.IX przedstawia naszą sytuację. W rezultacie tej drugiej odprawy major przedstawia, że jeśli stan zdrowia rannych będzie się w dalszym ciągu pogarszał, a ogień nieprzyjacielski dokona jeszcze poważniejszych zniszczeń, tak że prowadzenie walki nie będzie możliwe, to przerwie walkę.”
Kpt. F. Dąbrowski