W październiku i w listopadzie 2016 r. Muzeum Westerplatte i Wojny 1939 przeprowadziło badania archeologiczne reliktów dwóch obiektów wchodzących w skład zabudowy Wojskowej Składnicy Tranzytowej na Westerplatte: Willi Oficerskiej oraz Wartowni Nr 5. Podczas badań pozyskano łącznie ponad 4000 zabytków ruchomych, a po badaniach wyselekcjonowano zabytki nadające się do konserwacji, o dużym znaczeniu historycznym i ekspozycyjnym (ok. 700 szt.) Przeprowadzono już pełną konserwację 316 sztuk wydzielonych zabytków ruchomych.
Do najciekawszych pozyskanych zabytków należą m.in. orzeł wz. 1919 noszony na rogatywkach garnizonowych wz. 35. odkryty w pobliżu wartowni Nr 5; łuski polskiej amunicji strzeleckiej odkrywane w okolicy reliktów Wartowni Nr 5. noszące wyraźne ślady eksplozji do której doszło wewnątrz wartowni 2 września 1939 r. (łuski pochodzą z 2 partii amunicji wyprodukowanej w 1933 i 1936 roku w Zakładach amunicyjnych „Pocisk” S.A); polskie guziki mundurowe używane zarówno w latach 20. jak i 30. XX w. oraz wiele obiektów pochodzących jeszcze z czasów napoleońskich oraz kurortowych (kule muszkietowe, zegarki, zabawki, porcelana).
Obecnie Dział Archeologiczny Muzeum Westerplatte zajmuje się przygotowaniem II etapu badań archeologicznych na Westerplatte, które Muzeum Westerplatte i Wojny 1939 planuje rozpocząć w kwietniu 2017 r. Jak mówi Filip Kuczma, kierownik działu, „kontynuacja badań archeologicznych jest jednym z niezbędnych elementów służących do opracowania szczegółowego projektu rewaloryzacji Pomnika Historii Pole bitwy na Westerplatte, uściślenia i zadokumentowania historii półwyspu oraz pozyskania zabytków kontekstowo związanych z Wojskową Składnicą Tranzytową”.
