1 września 2012 r. odbyło się uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego pod siedzibę Muzuem. Aktu wmurowania dokonali Premier Donald Tusk, Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego Bogdan Zdrojewski, Prezydent Miasta Gdańska Paweł Adamowicz, Szef Kancelarii Premiera Tomasz Arabski oraz Dyrektor Muzeum II Wojny Światowej Prof. Paweł Machcewicz.
Rolę kamienia węgielnego pełnił kawałek bruku znaleziony podczas prac archeologicznych, a będący kiedyś częścią ulicy w dzielnicy Wiadrownia, znajdującej się przed wojną na terenie, na którym powstanie Muzeum. Kamień wraz z podpisanym aktem wmurowania, został umieszczony w specjalnym kamiennym cokole.
Podczas przemówienia Premier Donald Tusk powiedział: "To muzeum ma być krzyczącym świadectwem nie tylko poprzez treść, ale też przez formę. Ma być materialnym depozytariuszem, najlepszym sposobem, mocnym, atrakcyjnym na przekazanie naszych myśli i uczuć, to świadectwo tego, jak my Polacy rozumiemy nasz obowiązek wobec pokoju. To najwspanialszy pomysł na kontynuację odbudowy Gdańska. Niech będzie świadectwem, że my wyciągnęliśmy najlepsze wnioski z wojny."
W czasie uroczystości swoją premierę miał film prezentujący przyszłą siedzibę Muzeum wraz z wizualizacjami poszczególnych kondygnacji i wnętrz. W czasie projekcji głos zabrał architekt Jacek Droszcz, który opowiedział o głównych założeniach koncepcyjnych, jakie towarzyszyły pracom projektowym i rozmieszczeniu poszczególnych pomieszczeń.
Następnie odbyła się projekcja filmu z wizualizacjami wystawy głównej Muzeum, przygotowanego przez belgijską pracownię Tempora S.A.
Dyrektor Muzeum Prof. Paweł Machcewicz zaprezentował najważniejsze i najcenniejsze eksponaty z kolekcji Muzeum, które zaproszeni goście mogli również obejrzeć po skończonej uroczystości.
