28 lutego 2013 r. zostało podpisane porozumienie o współpracy pomiędzy Muzeum II Wojny Światowej i Wojskowym Instytutem Historycznym Republiki Czeskiej (podlegającym pod Ministerstwo Obrony Narodowej). Obie instytucje łączy wspólny cel, jakim jest upamiętnienie II wojny światowej i jej ofiar oraz wspólnej walki Czechów i Polaków na jej frontach, a także propagowanie wiedzy o historii wojny i okupacji. Strony uzgodniły, że będą działać na rzecz promowania, ułatwiania i rozwoju współpracy na takich polach jak: pozyskiwanie eksponatów i dokumentów, wymiana publikacji i informacji na temat historii wojny i okupacji, wymiana doświadczeń z zakresu archiwistyki i muzealnictwa oraz nowoczesnych technik przechowywania, konserwacji i eksponowania zbiorów. Obie instytucje będą współpracowały przy badaniach naukowych i archiwalnych, organizacji konferencji i imprez edukacyjnych.
