Zespół badawczy rozpoczął poszukiwanie mogił obrońców składnicy od wnikliwej analizy dostępnego materiału archiwalnego, przede wszystkich wspomnień uczestników walk – Polaków i Niemców, oraz relacji jeńców cywilnych, którzy pod nadzorem niemieckim porządkowali teren półwyspu po zakończeniu walk. Wspomniani jeńcy , głównie Polacy aresztowani w pierwszych dniach września 1939 roku na terenie Gdańska i Gdyni – już od 8 września skierowani zostali do prac na Westerplatte. Do ich zadań należało m.in. zasypanie lejów po bombach, usunięcie niewypałów, zlikwidowanie ogrodzeń i zapór oraz rozbiórka większości budynków znajdujących się na terenie zajętej składnicy. Polakom nakazano odnalezienie ciał polskich żołnierzy poległych w trakcie obrony i transport zwłok do wyznaczonego przez niemieckich nadzorców miejsca. Jeńców zmuszono m.in. do wydobycia ciał polskich obrońców, które znajdowały się w ruinach wartowni nr 5.
Polscy jeńcy przenieśli odnalezione szczątki obrońców w okolice zniszczonej wartowni nr 5, gdzie wykopano kilka dołów. Ciała zakopano, zaś miejsce pochówków uczytelniono przez wzniesienie trzech niewielkich kopczyków ziemnych, na których umieszczono polskie rogatywki oraz krzyże. W późniejszym czasie kopczyki i krzyże usunięto, czym uniemożliwiono dokładne zlokalizowanie mogił.
Dzięki analizie wspomnień uczestników walk i jeńców cywilnych udało się ustalić, że miejscem wyznaczonym na grzebanie ciał była niewielka polana znajdująca się na zachód od budynku willi oficerskiej oraz wartowni nr 5.