Wicedyrektorem Muzeum II Wojny Światowej z Gdańsku został dr Janusz Marszalec, historyk badający głównie okres okupacji, wcześniej zawodowo związany z Biurem Edukacji Publicznej IPN, od 17 września 2008 r. pracujący w zespole Pełnomocnika Prezesa Rady Ministrów ds. Muzeum II Wojny Światowej prof. dr. hab. Pawła Machcewicza.
Muzeum mieściło się wówczas w tymczasowej siedzibie, był to jeden pokój w budynku Pomorskiego Urzędu Wojewódzkiego przy ul. Okopowej 21/27 w Gdańsku, użyczony gościnnie przez Wojewodę Pomorskiego. Rozpoczęła się budowa podstaw kadrowych instytucji: zatrudniono kilku pracowników administracji, księgowości oraz radcę prawnego, rozpoczął się też proces rekrutacji pracowników merytorycznych (historyków i muzealników).
Muzeum nawiązuje współpracę z Archiwum Państwowym w Gdańsku,Instytutem Pamięci Narodowej, Muzeum Historycznym Miasta Gdańska, Muzeum Miasta Gdyni oraz Imperial War Museum. Dyrektor londyńskiego Muzeum złożył wstępną propozycję udostępnienia materiałów dla Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku. Podobne deklaracje padły ze strony kierownictwa Deutsches Historisches Museum w Berlinie.
