Dominującym wątkiem części wystawy Groza wojny są losy zwykłych ludzi.
Ukazanie wojny przez pryzmat losów żołnierzy, jeńców, więźniów obozów, przymusowych robotników, a także kobiet, dzieci i mężczyzn cywilów stanowi najbardziej uniwersalny i zrozumiały dla zwiedzających przekaz — niezależnie od ich narodowości.
Najważniejszy wątek tej części ekspozycji został poświęcony zbrodniczemu charakterowi wojny i okupacji, rozumianemu jako świadome dążenie reżimów totalitarnych do unicestwienia całych państw i podbitych narodów.
W tej części wystawy ukazane zostały zarówno zbrodnie niemieckie dokonywane na polskiej inteligencji i elitach społecznych od jesieni 1939 r., jak również radzieckie, m.in. zamordowanie polskich oficerów i policjantów w 1940 r. Ważną częścią narracji o zbrodniczym charakterze wojny jest Zagłada. Bezprecedensowy charakter ludobójstwa ukazany został poprzez opowieść odtwarzającą planowanie zbrodni, jej poszczególne etapy — egzekucje hitlerowskich Einstatzgruppen na Wschodzie po ataku na Związek Radziecki w 1941 r., utworzenie i funkcjonowanie obozów zagłady, w których zamordowano Żydów polskich oraz przywożonych z innych okupowanych krajów Europy. Pokazano także życie Żydów w dwóch największych gettach: warszawskim i łódzkim. Zaznaczony został również indywidualny wymiar tej straszliwej zbrodni — zarówno poprzez losy konkretnych ofiar, jak i sylwetki sprawców.
Narracja o zbrodniczym charakterze II wojny światowej i okupacji uwzględnia także inne przypadki ludobójstwa, terroru i eksploatacji ludności cywilnej: system obozów koncentracyjnych stworzonych przez Trzecią Rzeszę, niewolniczą pracę, do jakiej zmuszano podbite narody, przymusowe deportacje ludności. Wystawa powinna uświadamiać zwiedzającym, że Trzecia Rzesza i Związek Radziecki, kierując się motywami politycznymi, rasowymi, gospodarczymi wysiedlały na masową skalę ludzi od samego początku wojny aż do jej końca.
Ważną częścią tej wystawy są unikalne eksponaty — przedmioty dokumentujące losy ofiar Zagłady, egzekucji i innych form represji, więźniów obozów, robotników przymusowych czy Polaków deportowanych w głąb Związku Radzieckiego.
Narracja o losach ludzi podczas II wojny światowej ukazuje również ówczesne życie codzienne żołnierzy i cywilów. Muzealia, jakie można zobaczyć w tej części to przedmioty codziennego użytku dokumentujące problemy, z jakimi musieli zmierzyć się ówcześni ludzie. Przykładami takich artefaktów są kartki na żywność i odzież, ubrania, zabawki dziecięce. Ich prezentacja uświadomia zwiedzającym odmienność sytuacji w różnych częściach okupowanej i walczącej Europy oraz ukazuje podobieństwa ludzkich przeżyć
Inne części bloku „Groza wojny” poświęcone są ruchowi oporu w Polsce i innych okupowanych krajach oraz walce o informację, w tym m.in. złamaniu kodów niemieckich maszyn szyfrujących Enigma, totalnej mobilizacji gospodarczej i społecznej państw biorących udział w wojnie, a także rozgrywce dyplomatycznej i politycznej prowadzonej między aliantami zachodnimi a Związkiem Radzieckim.
W opowieści znalazła się również walka o sprawę polską na arenie międzynarodowej, prowadzona przez rząd Rzeczypospolitej Polskiej w Londynie. Bardzo ważnym elementem tej części ekspozycji jest prezentacja omawiająca działania Polskiego Państwa Podziemnego, jego armii, administracji, sądownictwa, szkolnictwa, jako fenomenu samoorganizacji politycznej i społecznej w okupowanej Europie.
