10 października 1939 r., zgodnie z traktatem pomiędzy Związkiem Sowieckim a Litwą, Wilno i zachodnia część Wileńszczyzny zostały przekazane Republice Litewskiej.
Wilno zostało zajęte przez oddziały Armii Czerwonej wieczorem 18 września. Los miasta i Wileńszczyzny był inny niż reszty obszaru okupowanego przez Sowietów. Według ustaleń pomiędzy rządem litewskim a Moskwą ta część okupowanej Polski miała stać się częścią Litwy. W zamian na terenie tego kraju ustanowiono sowieckie bazy. Stosowny traktat został podpisany 10 października. Oddziały litewskie, które wkroczyły do Wilna już 27 października, zostały przywitane przez lokalną ludność litewską oraz dowiezionych mieszkańców Kowna i innych litewskich miast. Przyłączenie Wilna do Litwy spotkało się jednak z negatywną reakcją miejscowej ludności polskiej. Nowe władze przystąpiły do lituanizacji miasta i jego mieszkańców. Aktywną rolę w tym procesie odgrywała litewska policja polityczna. Okupacja litewska zakończyła się 15 czerwca 1940 r., gdy Związek Sowiecki zajął Litwę, a oddziały Armii Czerwonej ponownie wkroczyły do Wilna..
