W nocy z 26 na 27 marca 1943 r. oddział UPA dokonał ludobójstwa na polskich mieszkańcach kolonii Lipniki, zabijając 184 osoby oraz niszcząc ich majątki i rabując dobytek. Zbrodnia ta była jednym z elementów ukraińskiej polityki czystek etnicznych prowadzonej wobec Polaków na Wołyniu i w Małopolsce Wschodniej. W trakcie rzezi wołyńskiej w latach 1943–1944 z rąk Ukraińców zginęło ponad 100 tys. Polskich obywateli.
Pierwszej masowej zbrodni na Polakach Ukraińcy dokonali w noc z 8 na 9 lutego 1943 r. w kolonii Parośla. Po tym wydarzeniu rozpoczęła się fala kolejnych okrucieństw wymierzonych przeciw ludności polskiej. Kolonia Lipniki znajdowała się w północnej części Wołynia, gdzie działał oddział UPA pod dowództwem Iwana Łytwynczuka ps. Dubowyj. Słynął on ze szczególnego okrucieństwa oraz systematycznej eksterminacji Polaków. W marcu 1943 r. oddział Łytwynczuka przeprowadził szereg ataków na polskie wsie. W tych działaniach wspierali go ukraińscy chłopi, którzy uzbrojeni w siekiery i widły zabijali swoich polskich sąsiadów. Wobec nasilających się ataków „banderowców” w niektórych wsiach, w tym w Lipnikach, powstawały oddziały samoobrony Armii Krajowej, które z bronią w ręku miały bronić ich przed UPA. Nie uratowało to jednak kolonii od masakry.
Do ataku doszło w nocy z 26 na 27 marca 1943 r. Ukraińscy nacjonaliści wraz z chłopami z sąsiednich wsi okrążyli Lipniki, gdzie w chwili ataku znajdowało się ok. 700 osób. Pogrążona we śnie kolonia została ostrzelana z karabinów maszynowych. Następnie chłopi zaczęli podpalać domy i posiadłości Polaków. Wybuchła panika. Ratując swoje życie, mieszkańcy wybiegali na ulicę, gdzie jednak czekał na nich ogień z karabinów maszynowych. Część osób, która pozostała w płonących domach (głównie dzieci i starcy) udusiła się dymem. Zagłada kolonii Lipniki trwała do rana. W wyniku masakry zginęły 184 osoby (179 Polaków, 4 Żydów i Rosjanka). Pozostałym udało się uciec do sąsiednich wsi albo schować się na polu.
Po masakrze miejscowi Polacy zebrali wszystkich zabitych i pochowali w zbiorowej mogile. Zbrodnia w Lipnikach była jedną z najbardziej krwawych zbrodni przeprowadzonych przez oddział Łytwynczuka. Masowy mord cudem przetrwał przyszły polski kosmonauta – Mirosław Hermaszewski, który wraz z matką zdołał ujść oprawcom.
