Po ewakuacji znalazł się w Australii. Tam też objął dowództwo amerykańskich oddziałów południowego Pacyfiku oraz sił australijskich. Mniej więcej w tym czasie rozpoczęło się mozolne wyzwalanie terenów azjatyckich spod japońskiego panowania. Głównym celem generała pozostawały Filipiny, gdyż złożył obietnicę powrotu na wyspy, by je oswobodzenia. MacArthur jest uważany za jednego z ojców amerykańskiej taktyki „żabich skoków”, polegających na stopniowym zajmowaniu wysp i obszarów znajdujących się pod kontrolą Japonii. Na przełomie 1944 i 1945 r. spełnił swoje przyrzeczenie, przewodząc amerykańskim wojskom wkraczającym na Filipiny. On sam osobiście brał udział w walkach.
Po wyzwoleniu Filipin wziął udział w przygotowaniach do głównego natarcia na wyspy japońskie. Otrzymał awans do stopnia generała armii. W obliczu fanatycznej wręcz obrony Japonii, do której zaangażowano również cywili, w obawie przed nadzwyczaj długą, wyczerpująca kampanią, okupioną ogromnymi stratami, amerykańskie dowództwo zdecydowało się zmusić przeciwnika do poddania się w inny sposób. Wobec zrzucenia dwóch bomb atomowych Japonia skapitulowała, a gen. MacArthur był w gronie osób przyjmujących kapitulację, później zaś stanął na czele sił okupacyjnych.
Postulował liberalne podejście w stosunku do pokonanego kraju. To za jego namową doszło do demokratyzacji Japonii. Pozostał na Dalekim Wschodzie, a jego zdolności i doświadczenie wykorzystano kilka lat po wojnie. Został dowódcą oddziałów Organizacji Narodów Zjednoczonych walczących w Korei od 1950 r., kiedy to północna, komunistyczna część tego kraju rozpoczęła marsz na południe. MacArthur wraz ze swoimi żołnierzami doprowadził do wyzwolenia znaczącej części Korei, jednak w obliczu chińskiej interwencji został zmuszony do odwrotu. Postulował wówczas wykorzystanie broni atomowej przeciwko komunistom. Ponieważ spotkał się z odmową, zaczął prowadzić niezależną politykę. Doprowadziło to do jego dymisji.
Po wystąpieniu z armii zaangażował się politycznie. Był w gronie kandydatów do walki o fotel prezydenta Stanów Zjednoczonych. Ostatecznie jednak znalazł się na uboczu. Zmarł 5 kwietnia 1964 r. w Waszyngtonie.