Pod koniec lipca 2011 r. rozpoczęły się prace archeologiczne na działce przeznaczonej na budowę siedziby Muzeum.
Obszar przewidziany pod ratunkowe badania archeologiczne położony jest w Gdańsku pomiędzy ulicami Wałowa, Sukiennicza, Stara Stocznia i Kanałem Raduni, przy jego ujściu do Motławy i zajmuje powierzchnię 1,7 ha. Teren ten znajduje się w strefie ochrony konserwatorskiej oraz w granicach uznanych za pomnik historii. To wyjątkowe przedsięwzięcie, ponieważ na tak dużym obszarze, badania archeologiczne w Gdańsku nie były jeszcze prowadzone.
Do tej pory odkryto brukowaną, dobrze zachowaną Kleine Gasse, czyli ul. Małą i ul. Piekary z zachowaną pierzeją reliktów kamienic z czasów Wolnego Miasta Gdańska.
Wśród rzeczy znalezionych do tej pory przez archeologów znajdują się m.in. maszyna do szycia, maszyna do pisania, narzędzia kowalskie, ceramika, sztućce, fajki, guziki, monety z początku XX w.
Archeolodzy kontynuują odsłanianie kolejnych warstw, aż dotrą do tych z końca XVI w., a być może nawet wcześniejszych.
Zakończenie prac archeologicznych jest planowane w maju 2012 r.
