Szpital wojewódzki świadczył specjalistyczną opiekę dla Stoczni Gdańskiej im. Lenina. Dla 16 tysięcy ludzi. Asystentem Joanny był Piotr Dyk. Nie chciano go nigdzie indziej zatrudnić, bo działał w opozycji, w Ruchu Młodej Polski (RMP). W sierpniu 1980 roku stocznia stanęła. Jesienią Dyk przyprowadził Lecha Wałęsę na badanie. Tak się rozpoczęła ich przyjaźń. Joanna była osobistą lekarką i tłumaczką Lecha. W jej gabineciku – na IV piętrze, z pięknym widokiem na Gdańsk – Wałęsa spotykał się z różnymi ludźmi. Podczas „badania” nikt nie mógł przeszkadzać. Otrzymywała napomnienia od dyrekcji, ale chronił ją tytuł profesorski. Tłumaczyła, że przewodniczący jest chory i musi być zbadany.
Podczas stanu wojennego wraz z doktor Anną Budny-Liberek działały w opozycji. Budny dokumentowała stan zdrowia internowanych, pobitych. Ukrywała ich, eskortowała, poszukiwała prawników. Dzięki zaufanej siatce kolegów „na oddziale ukrywaliśmy ludzi, których z powodu działań opozycyjnych kładliśmy jako chorych. […] Czasem kładliśmy na okulistykę, bo tam bardzo trudno stwierdzić, czy człowiek rzeczywiście jest chory”. Pomagali też chirurdzy. Służba Bezpieczeństwa (SB) zakazała przyjęcia w szpitalu rodzącej Aliny Pienkowskiej. Pomógł Henryk Marek, ginekolog z „Solidarności”. Przywiózł ją prywatnym autem, odebrał poród. Na trzy miesiące został odsunięty od stołu operacyjnego. Alina miała 40 stopni gorączki. Ordynator nie pozwolił wezwać internisty. Joanna i Anna chodziły do niej potajemnie.
Joanna ukrywała w swoim mieszkaniu ludzi z RMP, m.in. Piotra Dyka, Macieja Grzywaczewskiego, ale i Zdzisława Pietkuna, który przebywał u niej przez niemal cały stan wojenny. W latach dziewięćdziesiątych okazał się agentem SB.
W 1983 roku Lech Wałęsa dostał pokojową Nagrodę Nobla. Pomyślała, że „już nikt nie może nic złego Lechowi zrobić. To było najważniejsze.” Dotąd bała się o jego życie.
W 1983 roku wspólnie z księdzem Eugeniuszem Dutkiewiczem założyła Hospicjum Pallotinum w Gdańsku (z Londynu przywiozła ideę hospicjum domowego). Chodziło o to, by dobrze wykorzystać trudny czas stanu wojennego dla budowania przyszłej wolnej Polski – poprzez to, co każdy umie robić. Tu i teraz. Wraz z kolegami zaczęli się uczyć medycyny paliatywnej. Morfinę podawano przed wystąpieniem bólu. Chory przestawał cierpieć. Zebrania u Pallotynów łączyły się także z działalnością konspiracyjną.
W 1987 roku gdański kościół Mariacki wypełniony był noszami chorych i podopiecznych hospicjum, którzy spotkali się z Janem Pawłem II. Joanna i Jacek Taylor mieli taką możliwość także na obiedzie u abp. Gocłowskiego w Oliwie. I drugi raz – w Watykanie. Wałęsa przedstawił ją: „«To jest mój doktór». Papież położył mi rękę na ramieniu i powiedział: «Dziękuję pani»”.
W czerwcu 1984 roku Joanna została aresztowana za kolportowanie ulotek drugiego obiegu. Poczuła się jak kiedyś na Pawiaku. Trafiła do celi z dwiema paniami. Przedstawiła się im, a osadzone opowiedziały o sobie. „Jedna z nich zabiła swojego męża tasakiem. […] Powiedziała, że absolutnie na to zasługiwał”. Obrońcą Joanny był Jacek Taylor. Petycję o jej uwolnienie podpisało kilka tysięcy osób. Po kilku dniach wyszła na wolność.
W 1985 roku, w Wielkiej Brytanii urodził się wnuk Joanny. Koniecznie chciała jechać. Kilkanaście razy odmówiono jej paszportu. W Ravensbrück siedziała z bratanicą de Gaulle’a, Genevieve de Gaulle-Anthonioz. Ta napisała list do polskich władz z sugestią, że Francuzki życzą sobie obecności Joanny na zjeździe ravensbrüczanek jako reprezentantki Polski. Z Paryża próbowała się dostać do Wielkiej Brytanii. Codziennie jej odmawiano. Wiza mogła być wydana tylko w kraju pochodzenia. Ostatecznie pomogła bratanica de Gaulle’a, wykorzystując swoje kontakty dyplomatyczne. „To było wielkie szczęście zobaczyć po raz pierwszy wnuka”.
W 1987 roku Wałęsa dostał milion dolarów od Kongresu Stanów Zjednoczonych. Powołał grupę lekarzy pod nazwą Społeczna Fundacja „Solidarności” i przeznaczył je na służbę zdrowia. W grupie była Joanna. W centrum Gdańska, w gmachu związku, powstała przychodnia kardiologiczna z najdroższym i najlepszym sprzętem, m.in. tomografem. Istnieje do dziś. W Warszawie stworzono ośrodek badania słuchu noworodków, by szybciej leczyć głuchotę, oraz oddział alergologii. Na Śląsku otwarto przychodnię wczesnego wykrywania raka piersi. Sekretarką zespołu była Krystyna Zachwatowicz. Pieniądze trzymano w sejfie u księdza Jankowskiego. Joanna była jedną z dwóch osób uprawnionych do ich pobierania.
W 1988 roku wzięła udział w stoczniowym strajku. Spała na styropianie. W tym samym roku, podczas swojej wizyty w Gdańsku, Margaret Thatcher wymogła na władzach komunistycznych spotkanie z Wałęsą, by poznać polską opozycję. Joanna brała udział w obiedzie na plebanii w „Brygidzie”. W 1989 roku była tłumaczką podczas spotkania Wałęsy z Mitterrandem.
W 1991 roku przeszła na emeryturę. Miała 70 lat. Postanowiła wyjechać do rodziny, do córki do Glasgow i zająć się wnukiem. „To była bardzo dobra fucha, hodować mojego wnuka. Jedno z lepszych zajęć w moim życiu”.
Pojechała jeszcze do Belwederu, by zdać dokumentację medyczną swego pacjenta nowemu lekarzowi. „Byłam taka wzruszona […] Od razu natknęłam się na kanapkę z trzema oparciami […]. Znałam ją ze szklonych zdjęć, wiszących na ścianie, bo na środku niej siedział marszałek Piłsudski, a po dwóch jego stronach siedziały jego córeczki – moje równolatki”. Została tam przez tydzień. Prezydent Wałęsa odstąpił jej swój pokój.
Po 15 latach wróciła do Polski. Podjęła pracę w jego biurze. Codziennie przywoził ją i odwoził z Europejskiego Centrum Solidarności do Sopotu. Póki mogła wychodzić z domu.
