Muzeum II Wojny Światowej powstało w Gdańsku przy placu Władysława Bartoszewskiego, nad Motławą, blisko historycznego centrum miasta. Muzeum znajduje się w symbolicznej przestrzeni architektonicznej stanowiącej również przestrzeń pamięci — 200 metrów od historycznego budynku Poczty Polskiej w Gdańsku oraz siedem kilometrów drogą wodną od terenu byłej polskiej Wojskowej Składnicy Tranzytowej na półwyspie Westerplatte, zaatakowanych we wrześniu 1939 r.
Teren Muzeum, zajmujący powierzchnię 17070 m2, dotyka od strony zachodniej Kanału Raduni, a od południowej otwiera się na szeroką panoramę Motławy. Obecnie są to obrzeża starego Gdańska, wkrótce będzie to centrum nowoczesnej dzielnicy, usytuowanej na terenach postoczniowych.
Granice terenu, na którym stoi Muzeum II Wojny Światowej wyznaczają:
- od zachodu ciąg nieistniejącej dziś ulicy Piekary;
- od wschodu ulica Stara Stocznia;
- od południa lewy brzeg ujścia Kanału Raduni do Motławy, wzdłuż którego biegła nieistniejąca dziś ulica Wiadrownia.
- od północy fragment ulicy Wałowej.
W okresie średniowiecza obszar ten został włączony w założenie obronne zamku wzniesionego przez Krzyżaków w miejscu dawnego grodu książęcego, przekształcając je w przedpole warowni, oddzielone od lądu i twierdzy fosami. Od połowy XV w. istniała tu jedynie skromna siedziba cechu wiadrowników. Po drugiej stronie fosy znajdował się teren tzw. Brabancji. W połowie XVII w. okolica uległa znacznemu przeobrażeniu. Przekopano nowe koryto końcowego odcinka Kanału Raduni, który od tej pory uchodził do Motławy, a nie do Wisły. W efekcie tego, teren Wiadrowni ograniczył się do małej, trójkątnej wyspy, której kształt wpłynął na kształt urbanistyczny tego obszaru miasta. Na układ drogowy składały się ulice: Wiadrownia, Stara Stocznia, Piekary, Wielka, Mała, Kowale.
Zabudowa w miejscu siedziby Muzeum, choć murowana, była uboga w formie, zamieszkana przez niezamożną część ludności. Na cyplu między ulicą Stara Stocznia a Kanałem Raduni funkcjonował plac budowlany i skład drewna. Między rokiem 1942 a 1944 na terenie tym wzniesiono lekki schron przeciwlotniczy, który istnieje do dnia dzisiejszego. Po zniszczeniu miasta w 1945 r. teren został w znacznym stopniu przeobrażony. Z istniejącego układu ulic przetrwała jedynie Stara Stocznia. Reszta dróg uległa likwidacji po utworzeniu zajezdni autobusowej i skwerów.
Budynek Muzeum ma powierzchnię 34,111 tysięcy m2. Na wystawę główną przeznaczono obszar ponad 5 tysięcy m2. W nowoczesny sposób prezentuje ona II wojnę światową zarówno z perspektywy ówczesnej wielkiej polityki i przede wszystkim — przeżyć zwykłych ludzi.
Ekspozycja przedstawia nie tylko losy Polaków, ale też doświadczenia innych narodów.
Poza wystawą stałą w Muzeum znajduje się także tysiąc metrów powierzchni na wystawy czasowe. Oprócz funkcji wystawienniczych Muzeum pełni rolę ośrodka edukacji, kultury i nauki.
