Muzeum będzie miejscem skupionym na pielęgnacji trzech wartości: autentyzmu pola bitwy, polskiej postawy w czasie II wojny światowej oraz pamięci – m.in. o symbolicznym początku tego tragicznego konfliktu zbrojnego. Celem instytucji będzie zatem nie tylko ukazanie historii heroicznej, siedmiodniowej obrony Westerplatte przed Niemcami, ale osadzenie jej w szerszym kontekście – walk o ojczyznę prowadzonych w toku kampanii polskiej 1939 r.