Jednym z działań, wpisującym się w politykę społecznej odpowiedzialności Muzeum, była zrealizowana w kwietniu 2020 r. akcja „Maska i książka”. Wówczas instytucja rozdystrybuowała wśród mieszkańców Gdańska ponad 18 tysięcy zestawów składających się z maseczki ochronnej oraz książki wydanej przez Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku. Był to symboliczny gest pokazujący wsparcie lokalnej społeczności w tym trudnym dla wszystkich czasie, jak i wyraz troski o jej zdrowie.
W ramach akcji „Hotel dla Medyka”, na potrzeby kadry medycznej świadczącej pracę na terenie województwa pomorskiego, Muzeum przekazało do bezpłatnego używania pokoje noclegowe znajdujące się w części hotelowej instytucji. Działanie, realizowane w ramach porozumienia zawartego pomiędzy Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku a Wojewodą Pomorskim, było wyrazem wsparcia dla kadry medycznej, będącej na pierwszej linii frontu w walce z wirusem SARS-CoV-2.
Od 21 października 2020 r. do odwołania parking podziemny Muzeum został przekazany w celu utworzenia i działania Centrum testowego COVID-19 UCK drive thru. Ponadto tworząc i publikując materiał filmowy #SzczepimySię, Muzeum włączyło się także aktywnie w akcję zachęcającą do szczepienia przeciwko COVID-1.